- Na rozdíl od Zadaru či Splitu, které založili Ilyrové a Řimané, je Šibenik prvním městem vybudovaným Chorvaty. Je to vidět na podobě historického jádra, které nemá formu starého římského města. Většina ulic byla postavena v gotickém a renesančním slohu v 15. a 16. století.
- Šibenik založil ve druhé polovině 11. století chorvatský král Krešimir IV.. Proto se také Šibeniku říká "Krešimirovo město". Středem osídlení se stala pevnost sv. Michala, kde král pobýval.
- Za uhersko-chorvatských králů získal Šibenik autonomii, ovšem vládci okolních států si jej střídavě podmaňovali.
- Počátkem 15. století město na 400 let získala Benátská republika.
- V 15. a 16. století byl Šibenik důležitým centrem renesance a humanismu. Žila a tvořila tu řada chorvatských renesančních malířů, spisovatelů a hudebních skladatelů.
- Začátkem 16. století začali zdejší kraj ohrožovat Turci pronikající z balkánského vnitrozemí. Ačkoliv se jim podařilo obsadit Knin nebo blízký Skradin, Šibenik se jim nepodařilo dobýt. Narušily se však hospodářské styky s vnitrozemím, poklesl objem obchod a Šibenik začal upadat. V polovině 17. století se opevněné město ubránilo velké turecké přesile.
- Benátky vystřídala s krátkým přerušením francouzské nadvlády stoletá vláda Rakouska-Uherska.
- Ve druhé polovině 19. století došlo k zintenzívnění rozvoje zaostalého města díky výstavbě železnice a výstavbě elektrárny na řece Krce podle projektu Nikoly Tesly. Město získalo elektrické osvětlení jako jedno z prvních na jadranském pobřeží.
- Po první světové válce se Šibenik násilnou anexí pokusili připojit Italové. Město ale museli v roce 1921 opustit a předat do rukou Království Srbů, Chorvatů a Slovinců.
- Za druhé světové války obsadili město Italové a poté fašistické Německo.
- Po válce se Šibenik stal součástí Chorvatska v rámci federativní komunistické Jugoslávie. V procesu industrializace bylo v Šibeniku postavena řada velkých průmyslových podniků.
- V letech 1991 a 1992 během válečného konfliktu na Balkánu poničily značnou část města útoky krajinských Srbů. Škody jsou dnes již úplně opraveny.
- Od roku 1993 patří Šibenik pod správu samostatného Chorvatska.
 Šibenik, pevnost sv. Michala |
